Knud Breyer ist seit 2021 Editor in der Reger-Werkausgabe (RWA) am Max-Reger-Institut Karlsruhe. Er betreut außerdem an der Akademie der Künste, Berlin die Hanns-Eisler-Gesamtausgabe (HEGA), der er seit 2011 als wissenschaftlicher Mitarbeiter angehört (2001–2019 DFG-Langzeitprojekt an der Freien Universität Berlin). Von 2016 bis 2019 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter bei der Erich Schmid Edition (ESE) an der Zürcher Hochschule der Künste (SFN-Projekt). Daneben ist er freiberuflich als Editor und Autor für verschiedene Verlage und Institutionen tätig.